Alla Divisione Basidiomycota appartengono funghi nei quali le spore si maturano all'esterno (meiospore esogene) di strutture mono o pluri-cellulari dette "basidi", estroflesse e portate da sottili filamenti chiamati "sterigmi" e generalmente in numero di quattro.
Le meiospore danno origine a micelio primario, nella riproduzione sessuale l'unione di due miceli primari di polarità opposta dà origine al micelio secondario binucleato (dikaryon), fertile, piuttosto longevo e con giunti a fibbia
Il corpo fruttifero dei Basidiomycetes, quello che noi comunemente ed impropriamente chiamiamo fungo prende il nome di "basidioma"

Basidiomycota include sia organismi unicellulari (alcuni lieviti) che multicellulari. Sono presenti principalmente in ambiente terrestre ma alcuni sono anche acquatici, ambiente marino compreso.
Questa divisione è un grande gruppo all'interno del Regno, a cui appartengono tutti i funghi con imenoforo a lamelle, a tuboli, pori ed aculei. Più raramente si osservano forme con imenoforo labirintiforme, liscio, rugoloso o racchiuso in un involucro protettivo (Gasteromycetes), detto peridio.
I taxa presenti in questa divisione sono moltissimi, ed appartengono ad esso la maggior parte dei funghi che hanno interesse per la raccolta destinata all'alimentazione.

La Divisione Basidiomycota è costituita dalle Classi:

Alla divisione Ascomycota appartengono funghi nei quali le spore si maturano all'interno (Meiospore endogene) di cellule denominate "aschi", questi hanno generalmente forma di sacchetto, fiasco o tubetto più o meno allungato.
In molti casi la produzione è di otto spore per asco ma esistono moltissime eccezioni sia con numeri minori che maggiori.
Le ife che generano gli aschi vengono dette ife ascogene (dikarion), esse presentano a maturità un apice ricurvo a forma di uncino, bisettato, all'interno del quale si ha la fusione dei due nuclei e la successiva formazione dell'asco.
Il corpo fruttifero degli Ascomycetes prende il nome generico di "ascoma".
Gli Ascomycetes costituiscono un gruppo numerossimo di funghi, sia mono che pluricellulari, si va ad esempio dagli importantissimi lieviti come ad es. Saccharomyces cerevisiae, il comune lievito di birra, al Penicillium precursore dei moderni antibiotici, ad un numero estesissimo di specie studiate come patogene per l'uomo, gli animali e le piante.
Sono pure Ascomycetes la maggior parte dei funghi che stabiliscono simbiosi con alghe verdi e cianobatteri nella formazione dei licheni.
Numerose anche le specie di interesse alimentare, come ad esempio i Tartufi (Genere Tuber) e le Spugnole (Genere Morchella).

La Divisione Ascomycota è costituita dalle Classi:

Si tratta di funghi sostanzialmente microscopici e spesso unicellulari.
Le spore (meiospore definite anche autopropulsive!) sono tipicamente provviste di "flagelli", che ne consentono il movimento nell'acqua.
I Chytridiomycetes sono tra i funghi più primitivi e si comportano principalmente da saprofiti, con grande valenza ecologica, degradando ad esempio chitina e cheratina.
Molti Chytridiomycetes, vista la loro peculiarità di movimento, sono acquatici, principalmente d'acqua dolce.
Ci sono circa 1.000 specie di Chytridiomycetes, suddivise in 127 generi, distribuiti fra 5 ordini.
Alcuni Chytridiomycetes possono essere letali ad esempio per le rane perchè ostruiscono i pori della loro pelle impedendogli la respirazione.
Alcune piante possono subire danni a causa di questi funghi.

Alla divisione Zygomycota appartengono funghi con meiospore e mitospore endogene portate da zygosporangi, gametangi e sporocisti
Il nome della divisione viene dagli zygosporangi, strutture resistenti formate durante la riproduzione sessuale.
Ci sono circa 600 specie di Zygomycetes conosciuti. Vivono nel terreno o su materiale in decomposizione sia di origine animale che vegetale.
Alcuni Zygomycetes formano rapporti mutualistici importanti con gli apparati radicali delle piante (micorrize).
Un esempio comune di Zygomycetes è la muffa nera del pane: Rhizopus stolonifero oppure Spinellus fusiger, che spesso è parassita del genere Mycena.

La Divisione Zygomycota comprende per alcuni studiosi l'ordine Glomerales (mancanza di formazione delle zygospore) mentre per altri questi funghi vengono elevati a Divisione autonoma Glomeromycota.